Действие игры Crysis 3 разворачивается в 2047 году. Суперсолдат Пророк возвращается в Нью-Йорк и обнаруживает, что мегаполис превратился в настоящие джунгли – с гигантскими деревьями, непроходимыми болотами и бурными реками. Выясняется, что масштабная метаморфоза произошла по вине коррумпированной корпорации CELL, которая, прикрываясь благой целью защиты населения от пришельцев, возвела над городом нанокупола. На самом деле корпорация стремится захватить власть над миром, и Пророк твердо намерен сорват...