Сюжет Assassins Creed: Bloodlines продолжает сюжет Assassins Creed, с момента гибели Роберта Де Сабле от клинка Альтаира, и отступления Крестоносцев, под предводительством Армана Бушара, со Святой Земли на о.Кипр. Желая положить конец завоевательному походу Крестоносцев, Альтаир преследует их, и помогает местному сопротивлению избавиться от командиров Крестоносцев. Кипр был выбран не случайно. В 1191 году н.э. Крестоносцы покидают Святую Землю и переходят на о. Кипр, который они не за долго до этого куп...